刘基临走之时，对情报处处长邓昌交待了许多事情。除了监视江北的袁术军之外，还有两件事情最为重为，被邓昌牢牢地记在了心中。
为了发挥邓昌的主观能动性，让自家的情报系统尽可能快地启动和运转，刘基允许邓昌可以暗中做二件事。
其一，可以暗中监视秣陵城、秣陵城防军和秣陵大营，但不可暴露自身或进行大的动作。
其二，如果有必要，可以暗中小规模地搜寻、抓捕叛逆之人。
这第二件事情，便出了岔子。
年前，邓昌紧记着刘基的交待，暗中安排“情侦队”队长华坚派人对秣陵城、秣陵城防军和秣陵大营进行了监视。
可秣陵城平安无事，秣陵城防军波澜不惊，秣陵大营风平浪静。多日来，华坚的监视一无所获，这让邓昌在训斥华坚之余，产生了强烈的挫败感，感觉有负刘基的嘱托。
邓昌经过思索，觉得第二件事更容易一些，能更快地做出成绩。于是，他决定从第二件事情着手，肃清秣陵城内的叛贼，替主公刘基解除秣陵城的隐患，
过完新年，从大年初四开始，邓昌便借调了曲阿营的士兵，同时出动程强的“行动队”，对薛礼、薛远、城防军统领、秣陵县令等人的残余势力进行了搜索和抓捕。
刚开始时，邓昌的搜索和抓捕还只是小心翼翼、偷偷摸摸地进行。
但是，在抓到数名叛贼，尝到了甜头之后，也由于程强不停的鼓动、劝说，邓昌很快便忘记了初衷。为了增大战果，做出更耀眼的成绩，他扩大了搜捕的对象和规模，行动也变得大张旗鼓起来。
邓昌是一个心思活洛的新附之人，而程强是一名见风使舵的初降之人，二人均有强烈表现的欲望和意愿。于是，在邓昌的雷厉风行和程强的推波助澜之下，搜索和抓捕行动便闹得越来越大，越来越凶。
秣陵城的士族和贵人大都和薛礼、薛远、城防军统领、秣陵衙门有着千丝万缕的关系。抽丝剥茧、顺藤摸瓜之下，这些人之中的大部分都被邓昌和程强抓进了监牢。
同为士人，邓昌最初对这些人好言相劝，不愿动刑，可是温言细语怎会让人轻易的招供！
因此，在程远的撺掇下，邓昌撕掉了温情脉脉的面纱，对这些人开始进行严刑拷打，一些平素劣迹斑斑和拒不交待之人甚至直接丢掉了性命。
出于恐惧和对酷刑的惧怕，被关进监牢的无辜之人便胡攀乱咬。秣陵城中许多普通的居民和商人都被牵扯了进来，秣陵衙门大牢里被关押的人犯人满为患。邓昌遂又新设了二个监牢，但很快又被全部关满了。
秣陵城大街小巷的各色民居和宅院里，每日都可能会有凶神恶煞的士兵破门而入，抓捕新被供出来的叛逆。
如果不是邓昌隐隐感觉到有些不妥，稍稍有所收敛，秣陵城内紧张的局势恐怕会闹得更加的不可收拾。
即便是这样，秣陵城也由之前的熙熙攘攘、热热闹闹变得日益紧张、冷清、萧条，如同一谭死水一般。秣陵城的居民大都变成了惊弓之鸟，见到了军士便杯弓蛇影、风声鹤唳。邓昌和程强现在变成了秣陵小儿止啼的代名词。
最初，太史慈也赞同、支持邓昌、程强抓捕秣陵旧有势力的残余人员的想法和行动。除恶务尽、清除隐患，这对主公刘基是十分有利的。邓昌向他借调曲阿营士兵，他当场就同意了。秣陵城的士人、贵人和被抓之人的家眷想要求见于他，均被他全数拒绝。
可渐渐的，太史慈便觉得不对劲了，秣陵城的商业日益变得萧条，秣陵城的居民对士兵逐步变得害怕、恐惧，许多居民望向他的目光也变得陌生、憎恨乃至仇视。
邓昌的抓贼行动似乎太过火了。
到了正月十二，太史慈见到邓昌和程强的行动毫无停歇的意思，而秣陵城的局势日渐紧张，秣陵籍的士兵也渐渐有军心不稳的迹象，他便再也坐不住了。他一面派人给刘基紧急送信，一面寻邓昌谈话。
太史慈虽然代管全军、全城，但邓昌的情报系统为刘基直辖，不在军、政这二套系统之内，太史慈管不着他。
因此，太史慈只能找邓昌谈话，同他协商和加以警告，却无权对他直接下达命令。
谈话过后，邓昌终于想起了刘基的交待，又见秣陵城的形势不妙，也开始惊慌和害怕起来。于是他就消停了许多。
邓昌将绝大部分的抓捕工作都停顿下来，许多被证实为无辜的人犯也开始从监牢中逐步地放出。
可此时秣陵城居民和士兵之间的信任已经荡然无存，秣陵城的繁华和热闹也回不来了。
...
太史慈对秣陵城的主要商业街也仔细地视察过。大部分的商铺、食肆、酒肆处于关门休业的状态，沿街摆摊的小贩，叫卖的货郎几乎无影无踪。少数开门的铺子，呈现出一片冷冷清清、门可罗雀、乏人问津的凄惨模样。他为这种萧条的状况感到深深的担忧和惴惴不安。
主公刘基费尽了心力心血，其麾下方才积攒了“曲阿营”、“雪耻营”、“奋勇营”、“秣陵营”这四营人马和秣陵城防军、秣陵水军、水寨、秣陵马场。
这样火红的局面固然让人欣喜、振奋，可自从他代管全城、全军后方知：做主公太不容易了！
上万士兵和数千匹马的人吃马嚼，每日每夜的供应都是海量的粮米油盐，一日都不能短缺或停止。
现在这些供应只是靠着笮融营寨和秣陵城的缴获勉力地维持着。一旦这些缴获的积蓄用完，主公刘基这些兵马的供应该怎么办？主公当前只有秣陵城一城之地，以目前秣陵城百业凋敝的情况来看，肯定是供应不了。
这些兵马的粮草也无法依靠曲阿府衙来供给。除了曲阿营，其它营伍都是主公刘基私下成立的，主官也是主公私下任命的，没经过曲阿府衙的手，肯定不会被府衙所认可，这些营伍只能算作主公的部曲，由主公自行募集粮草。
...
怀着这样的忧虑，太史慈拉下面子，试图找徐盛、凌操这二个人商议一下。可这二人没心没肺，只管盯着他们自己营伍的供应有没有准时、短缺，完全不理会其它的闲事，也不理解太史慈心中的忧虑。徐盛甚至还幸灾乐祸地嚷道，“邓昌那小人不但想搞垮主公的军队，他还想搞垮秣陵城...”。
太史慈只得找董袭商议了一次，但面对这样棘手的情况，二人均是束手无策、毫无办法。
太史慈只能怀着深深的愧疚之心，万分焦急地等待着主公刘基的回信和指示。