设立审计总署和廉政总署，还暗中埋伏下顺天银行这个在内廷新设的机构，朱由检筹谋已久。
此时在处置官员的时候说出来，都察院没人敢反对。其他待罪的官员同样说不上话，甚至还想到皇帝前段时间对五寺调整的事，心想皇帝又出手了，看来皇帝是不把所有机构调整一遍，绝对不会罢休。
袁可立没有经历前段时间五寺调整的事，觉得皇帝这样不经讨论随意设立衙署很不合理。
但是他想到前几日和皇帝交流时提到的钱粮支出问题，以及九边欠饷高达四五百万的事实。
最终以都察院事务不归自己管辖为由，在心里安慰自己这件事不归自己管，同样没有张嘴，默认了这件事情。
眼见没有人反对，朱由检乘机对都察院继续进行调整，免得那些有战斗力的言官起复后，闲着没事之下，把矛头针对自己这个皇帝：
“南京通政使杨所修，颂美赞导兼有，定为第六等，革去一切官阶。”
“念在他弹劾阉党有功，复职为正四品佥都御史。”
“组建检察总署，负责司法监察。对危害国家安全、危害人民安全、利用职权犯罪等行为进行侦查和提起公诉。对判决执行情况进行监督，对刑罚和监狱使用情况进行监督。”
“此次审判阉党，便由检察总署提起公诉，对所有案件追踪到底。”
群臣听着这个任命，对杨所修已经有些羡慕了。别看这个人是从正三品降到正四品，但以实权来说，他这个负责检察总署的佥都御史，远比南京通政使重要，甚至比以前的正三品右副都御史加衔还要好。
可以说，杨所修实现了最初的目的——
把自己从阉党摘出来，成功留在京城。
在场的官员都知道皇帝喜欢调整机构，他们因为待罪也都没有说话，唯有袁可立实在忍不住，谏言道：
“陛下，随意调整机构，会让官员无所适从，这是治国大忌。”
“更何况杨所修原是阉党，陛下让他担任这個职务，恐会徇私枉法。”
对袁可立还有些耐心，朱由检解释道：
“朕并非随意调整机构，只是让权责统一，更明确职责而已。”
“杨所修以前是阉党，但他有心立功，相信他不会让朕失望。”
说着，朱由检自己也觉得只用杨所修容易引人怀疑，甚至会被人制造舆论，又下令道：
“原正四品右通政刘宗周，起复为正四品佥都御史。”
“进京后和杨所修一同负责调查阉党人员罪行，对他们提起公诉。”
这下袁可立没话说了，刘宗周是著名的东林党人，有他一同负责查办阉党，谁都没有话说。
刘宗周名望极高，甚至可以说在顾宪成、高攀龙死后，他是大明士林仅存的泰山北斗。
朝廷都公开赞扬刘宗周“千秋间气，一代完人，世曰麒麟凤凰，学者泰山北斗”——
如果朱由检这个皇帝不用他，甚至都有可能被非议“野有遗贤”。
所以在打倒阉党之后，刘宗周就被朱由检列入第一批起复名单。而且他记得刘宗周是殉节忠臣，还知道他是大明最后一位儒学大师、宋明理学心学殿军、黄宗羲的老师。虽不知他能力如何，还是起复为佥都御史，负责查办阉党。
朱由检相信这个在天下间深孚众望的人，不会让自己失望。即使以后有人对阉党的处置有非议，也能借助刘宗周的名望压下去。
果然，刘宗周的名字一出，谁都没有话说。对他直接担任佥都御史，没有任何异议。
唯一的问题是，朱由检任命的佥都御史太多了，超过左、右二人。
许宗礼提出这个问题，朱由检道：
“副都御史和佥都御史这两个职位，以后就不再区分左右，根据所负责的职务，设置一位副都御史、四到六位佥都御史。”
“以后都察院由左都御史执掌院事，副都御史协理院事，佥都御史负责具体总署。”
“设置专门的右都御史，负责监察科道官员，并且和吏部一起管理御史加衔。”
“其他不在都察院却有御史加衔的官员，朕授权他们和真正的御史一样拥有监察权，可以监察不法，并且能监督科道官员。”
“十三道监察御史不变，仍旧负责原有公务。”
说着都察院机构的调整，朱由检同时讲解具体运行：
“所有监察御史都有独立监察权，根据监察出事务的分类，提交给不同的总署协助。”
“如果有官员涉嫌腐败，监察御史查出后，可以提交给廉政总署查处，确定具体证据。最终的结果由该监察御史和负责廉政总署的佥都御史签字。”
“如果有官员在财政收支上有问题，那就提交给审计总署。”
“如果有官员涉嫌违法犯罪，那就提交给检察总署提起公诉，让大理寺审判。”
“如果有官员在这些方面都有涉及、或者案情重大，那就由该监察御史申请从各总署和十三道抽调人员，临时组建独立调查署，直到案件结束撤销调查署。”
“调查总署设佥都御史执掌，刘宗周到京后担任。平时可负责各个调查署的人员调配，但是如果没有正当理由，不得拒绝监察御史组建独立调查署的申请。”
“刑部和地方按察司等三法司官员，也要配合调查总署对人员的调用。”
这样一个调整，明面上加强了御史权力，却让他们的精力主要对准官员。朱由检可不想那么多御史闲着没事盯着自己，让他们去盯官员，总比盯着自己好。
群臣听着皇帝对十三道监察御史和廉政总署、审计总署、检察总署、调查总署的划分，都感觉这位皇帝真的很有想法，很可能要把朝廷机构全部调整一遍。
虽然那些不愿改变的人想要反对，这时却说不出话来。都察院的御史都不说话，他们这些待罪的外人还有什么话说？
都察院的御史当然不说话，因为皇帝将都察院的都御史一扫而空。新任命的佥都御史刚刚才被问罪，又具体负责总署加强了权力，当然没有话说。
十三道监察御史职责不变，几个总署的设立又增加了佥都御史职位，让掌道御史增加了在都察院内部升迁的希望。
独立调查署的事情，也加强了监察御史的监察权，这样的事情监察御史都不可能反对。
可以说，朱由检就是趁着都察院上层权力真空，对都察院的上层架构进行调整，把御史的监察方向，转向用实际证据监督官员。免得他们闲着没事乱喷，又拿不出具体证据。
袁可立似有话说，朱由检看到之后，提前向他说道：
“十三道监察御史暂不调整，但是以后监察卫所、军队的事情，要从十三道协管划出来，由独立的监军总署负责。”
“监军总署由都察院和兵部一起组建，做好保密工作。”
“以后军队的军法、军纪、审计等事情，由监军总署监察。”
“大理寺也要分出军事法庭，专门审判军人。”
这对兵部是好事，袁可立不可能拒绝。所以他想了之后，很快选择接受。
但是为了防止皇帝对朝廷机构随意调整，他也提出了问题，并且进行劝谏：
“陛下新设这么多部门，又罢免这么多官员。”
“臣担心官员不足，请陛下稍缓一些。”
朱由检微微点头，赞许道：
“袁爱卿老成谋国，说的很有道理。”
“这样吧，都察院新设衙署的编制，要由都御史和吏部商讨后决定。”
“各署设署正，挑选监察御史担任。在下面设正七品知事、从七品检事、正八品典事、从八品校事，从明年的新科进士挑取。”
“明年的科举要多招点，多储备些人才！”
这个决定没有人敢提出反对，否则全天下的士子会喷死他们。
如此一来，都察院五大总署的设置算是随着确立，再也没有人能反对。
为了保障这件事的顺利进行，朱由检又指定了负责人：
“原天津巡抚、兵部右侍郎、右佥都御史李邦华起复，担任副都御史。”
“待其进京之后，负责协理院事，调整都察院机构。”
“左都御史和右都御史的廷推，放在都察院调整后。”
袁可立闻言默然，接受了这些调整。毕竟李邦华是他举荐的，这时候反对说不过去。他也相信李邦华的能力和操守，能主持好都察院调整。